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我院前身為“中山醫(yī)科大學深圳醫(yī)療中心”，于1986年應深圳市政府邀請，由原中山醫(yī)科大學附屬第一醫(yī)院在深創(chuàng)建，醫(yī)院創(chuàng)始人為著名的泌尿外科學泰斗梅驊教授。1997年醫(yī)院更名為“中山醫(yī)科大學深圳泌尿外科醫(yī)院”，并創(chuàng)建了深圳市第一家生殖醫(yī)學中心。2003年更名為“深圳中山泌尿外科醫(yī)院”。 長期與中山大學合作，使我院成為“中山大學附屬一院深圳院區(qū)”。
建院27年來，在本院資深專家團隊及中山大學專家教授的帶領下，以精湛的醫(yī)療技術(shù)和高質(zhì)量的醫(yī)療服務多次贏得媒體“教授醫(yī)院”的美譽。醫(yī)院以“泌尿外科”和“生殖醫(yī)學”為重點的�？漆t(yī)院。2011年我院“泌尿外科”、“生殖實驗室”被評為深圳市醫(yī)學重點學科（群）；同年，由我院泌尿外科牽頭組建了深圳市小兒泌尿外科學組，生殖醫(yī)學中心獲批設立深圳市博士后創(chuàng)新實踐基地；2012年經(jīng)深圳市科技創(chuàng)新委員會批準，在我院設立“深圳市圍著床期生殖免疫重點實驗室”。醫(yī)院連續(xù)六年榮獲深圳市醫(yī)保信用等級AAA單位。
醫(yī)院擁有醫(yī)護人員246人，其中高級職稱及碩博士48人。2013年度總收入為1.95億元、門診量25萬余人次、手術(shù)量近8000例；擁有科研設備價值近5200萬元。近年累計獲批省市科研課題共19項、發(fā)表論文100余篇（其中SCI論文15篇）、獲批國家專利11項。
我院泌尿外科不斷完善“�？企w系”建設，被評為深圳市重點學科（優(yōu)勢學科群），成立了尿石癥實驗室, 成為民營醫(yī)院改革中的典范。著重在泌尿生殖腫瘤、小兒泌尿、女性泌尿、泌尿結(jié)石、男科病等重點領域里不斷加大學科建設與科研創(chuàng)新，力爭達到國內(nèi)領先水平。
生殖醫(yī)學中心為院重點科室，由三個部門組成：“生殖助孕中心”、“復發(fā)性流產(chǎn)及反復胚胎種植失敗診療中心”及“生殖與遺傳研究所(生殖實驗室)”。醫(yī)院生殖醫(yī)學中心為深圳市規(guī)模最大的中心，每年開展“試管嬰兒”周期4000例以上。
醫(yī)院堅持“以人為本、熱忱服務、堅守誠信、開拓進取”的辦院宗旨，重點建設“泌尿外科、生殖醫(yī)學”兩個�？疲�及與其密切相關(guān)的男科和婦產(chǎn)科，以“大�？啤⑿【C合”的模式發(fā)展醫(yī)院。